NPO法人（特定非営利活動法人）の代表者の職名は「理事長」と称さなければならないのですか。

それぞれの理事は、対外的には法人を代表しますが、定款で他の理事の代表権を制限し、特定の理事を代表者とすることができます。
その場合、NPO法人の代表者の職名は必ずしも「理事長」である必要はなく、「代表理事」など他の名称を用いることも可能です。いずれの名前を用いる場合でも、その者に団体を代表する権限を与え、他の理事の権限を制限する場合には、定款にその旨を明記することが必要です。また、登記においても、代表者だけを登記することとなります。